본 연구소는 연구기획처 산하에 연구 수행 및 지원을 하는 도학실, 연구실, 행정실을 두고 있다. 그리고 각 업무 수행과정에서 조정이나 자문이 요구될 시 지원을 목적으로 자문위원회를 두고 있다 . 

도학실은 증산도학의 정립과 그 연구방향을 설정하는 업무를 수행한다. 연구실 각 부는 증산도학과 각 학문 분과를 관련시킨 각종 증산도사상 심화 연구와 이에 기초한 대안이론 창출을 모색한다. 번역부는 증산도의 기본경전인『증산도 도전』과 각종 연구 결과를 각 외국어로 번역하는 일을 한다. 행정실은 총무, 도서, 편집 등 연구위원들의 연구 전반을 지원한다.